Gjatë luftës së armatosur në Kosovë 1998, ushtria jugosllave si dhe policia serbe, më paramilitarë ushtruan dhunë dhe terror, që rezultoi në dëmtim të pronave, dëbim të popullsisë dhe vrasje të civilë shqiptarë kosovarë.
Serbija fashiste e kryeçetnikut serb Sllobodan Millosheviqit miratoi OPeracionit Patkoi në verë të 1998, në të cilin me qindra e mijëra shqiptarë u dëbuan nga shtëpitë e tyre
Tërheqja e monitoruesve të OSBE në 20 mars 1999, së bashku me nisjen e fushatës së bombardimeve të aleancës verio-atlantike të NATO-së e inkurajuan Millosheviçin të nisi dëbimin e shqiptarëve kosovarë Me nisjen e bombardimeve të NATO-s, operacioi paktoi u vu në jetë, edhe pse qeveria jugosllave deklaroi se kriza e refugjatëve nisi si pasojë e bombardimeve. Ushtria jugosllave, policia serbe dhe forcat para-ushtarake serbe në pranverë të 1999, në një formë të organizuar, nisën një fushatë të organizuar dhune kundër shqiptarëve civilë në mënyrë që të dëbonin shqiptarët prej Kosove si dhe mbajtjen e kontrollit politik në Beograd kundrejt provincës së Kosovës.
Sipas vendimeve të Gjykatës Ndërkombëtare të Hagës, ushtria federale jugosllave si dhe ushtria serbe sulmuan sistematikisht fshatrat me shumicë shqiptare pas bombardimeve të NATO-s që nisën në 24 mars 1999, dhunuan, vodhën dhe vranë civilë, i dëbuan me forcë për të shkuar drejt Shqipërisë ose Malit të Zi , si dhe dogjën shtëpitë dhe shkatërruan shtëtpitë. Nemanja Stjepanović u shpreh se kjo dhunë sistematike përfshiu dëbimin me forcë të shqiptarëve kosovarë, vrasjen, dhunën seksuale dhe shkatërrimin e objekteve fetare. Forcat jugosllave realizuan një seri krimesh gjatë përdorimit të dhunës dhe terrorit, dëbimin forcërisht të shqiptarëve kosovarë për të lënë shtëpitë e tyre në mënyrë që autoritetet jugosllave të fitonin kontroll mbi Kosovën. Pastrimi etnik i shqiptarëve realizohej përmes metodave të ndryshme: fillimisht ushtria rrethonte një vend, e shoqëruar me rrethim me artileri, më pas policia hynte në fshat. Në këtë fazë realizoheshin dhe krimet (vrasje, dhunime fizike, dëbime dhe dhuna seksuale).
Në qershor të vitit 2000, Kryqi i Kuq raportoi për 3,368 civilë (2,500 shqiptarë, 400 serbë, dhe 100 romë) ende të humbur, afërsisht një vit pas kësaj Lufte.
Një studim i kërkuesve nga Qëndra e Kontrollit dhe Parandalimit të Sëmundjeve në Atlanta , Gjeorgjia publikoi në vitin 2000 në një gazetë mjekësore the Lancet se ka pasur rreth "12,000 të vdekur në të gjithë popullsinë" të cilat kanë si shkak luftën.
Ky numër u arrit gjatë vëzhgimit të 1,197 shtëpive nga shkurti 1998 deri në qershor 1999. 67 nga 105 vdekje të raportuara në popullsinë e përgjithshme kishin si shkak trauma të shkaktuara nga lufta, nga kjo del shifra e 12,000 të vdekurve nëse zbatohet kjo shkallë vdekshmërie në të gjithë popullsinë e Kosovës.
Shkalla më e lartë e vdekshmërisë ishte te meshkujt nga 15 deri 49 vjeç (5,421 viktima të luftës) si edhe për meshkujt mbi 50 vjeç (5,176 viktima).
Për personat nën 15, përafërsisht 160 viktima për meshkujt dhe 200 për femrat. Për femrat nga 15–49 vjeç rreth 510 viktima; më të mëdhaja se 50 vjeç rreth 541 viktima. Autorët gjithashtu shkruan se nuk mund të ndahen humbjt civile nga ato ushtarake pasi u kryen shumë vrasje ndaj njerëzve të paarmatosur.
Në një studim të vitit 2008 nga Humanitarian Law Center (Qëndra Ligjore Humanitare), Komisionit Ndërkombëtar të Njerëzve të Humbur, dhe Komisionit të Njerëzve të Humbur të Serbisë bënë një listë emër për emër për viktimat gjatë dhe pas luftës. Sipas Librit të Kujtimit të Kosovës, 13,421 njerëz u vranë në Kosovë gjatë konfliktit, nga 1 janari 1998 deri në dhjetor 2000. Nga ajo shifër, 10,533 ishin shqiptarë, 2,238 serbë, 126 romë, 100 boshnjakë dhe të tjerë.
Numra të ndryshëm janë dhënë për vrasjet e shkaktuara nga forcat jugosllave përgjatë viteve.
Rreth 800,000 shqiptarë të Kosovës u dëbuan dhe rreth 7,000 deri në 9,000 u vranë, sipas The New York Times.
Departamenti Amerikan i Shtetit numëron rreth 10,000 të vrarë, e cila citoi abuzimet e të drejtave të njeriut si shkaku kryesor i sulmimit të Jugosllavisë.
Ekspertët statistikorë që punonin për Gjykatën Ndërkombëtare Kriminale për ish Jugosllavinë (ICTY) raportojnë për një numër total të vrarësh prej rreth 10,000 njerëzish.
Dr.Eric Fruits, profesor i Universitetit Shtetëror të Portland, debatoi se analizat e ekspertëve janë bazuar në të dhëna me gabime dhe se asnjë prej përfundimeve të tyre nuk mbështetet nga ndonjë analizë statistike.
- Në vitin 2001, 800 trupa ende të paidentifikuar u gjetën në gropa në një terren stërvitor të policisë speciale serbe jashtë Beogradit dhe në lindje të Serbisë.
- Të paktën 700 trupa u zbuluan në një varr masiv i gjendur në një kompleks të një njësie policore speciale anti-terroriste në periferi të Batajnicës.
- 77 trupa u gjetën në qytetin lindor të Serbisë Petrovo Selo.
- 50 trupa u gjetën në qytetin perëndimor të Serbisë Peručac.
