Pavijoni i Terrorit Komunist gjendet në katin e dytë të Muzeut Historik Kombëtar. Në pavijon paraqiten dokumenta, fotografi dhe objekte historike të vendosura në linjën tematiko-kronologjike për periudhën 1944-1990. Në vitrinën e parë vizitorët njihen me dokumente origjinale si, vendime ekzekutimesh, lista të të dënuarve me vdekje, të burgosur politikë, komunikata të Gjykatës së Lartë Ushtarake e të tjera. Vendin kryesor e zë Kryengritja e Postribës si dhe gjyqet ndaj kundërshtarëve të regjimit komunist. Fushatë e egër persekutimi u zhvillua në procesin gjyqësor ndaj inxhinierëve dhe teknikëve të shkollës teknike amerikane në Tiranë.
Interes paraqesin fotografitë kushtuar incidentit në Ambasadën Sovjetike dhe të gjyqeve të zhvilluara ndaj deputetëve liberalë të parlamentit shqiptar. Në pavijon është paraqitur edhe përndjekja politike ndaj shqiptarëve të Kosovës dhe Çamërisë.
Në vitin 1967 Shqipëria u shpall zyrtarisht si i vetmi vend ateist në botë. Goditja dhe shkatërrimi i klerit është rast i veçantë në të gjithë Europën. Fushata ateiste u shoqërua me shkatërrimin e objekteve të kultit, që përbënin një pjesë të rëndësishme të trashëgimisë kulturore shqiptare. Pas këtij viti u mbyllën 740 xhami, 608 kisha e manastire, 157 kisha katolike dhe 530 teqe bektashiane.
Në pavijon vizitorët do të gjejnë një hartë ku pasqyrohen burgjet, kampet me punë të detyruar si dhe kampet e internimit në territorin e shtetit shqiptar. Në Shqipërinë e asaj kohe gjendeshin spitale-burgje dhe spitale psikiatrikë ku “kuroheshin” të akuzuarit politikë. Atmosfera brenda modelit të një qelie të asaj periudhe padyshim që krijon emocione tek vizitorët.
Më tej, me një titull metaforik “Diktatura ha bijtë e vet” do të njiheni me vrasjen e katër ministrave kryesorë të regjimit komunist të asaj kohe si Koçi Xoxe, Beqir Balluku, Mehmet Shehu (Kryeministër), Kadri Hazbiu u akuzuan si “Armiq të popullit” dhe u dënuan rëndë.
Në vitrinën tjetër paraqitet vetizolimi i Shqipërisë dhe varfëria e shqiptarëve për shkak të këtij izolimi. Kjo shoqërohet me objekte, si tollonat për ushqime, foto ku paraqiten radhë të gjata në dyqane etj. Kjo gjendje e mjeruar e shqiptarëve solli reagimin e tyre antikomunist ndaj sistemit komunist dhe izolimit të vendit. Qëndresa antikomuniste u shpreh me anën e trakteve kundër regjimit komunist.
Vitrina tjetër paraqet personalitete të artit, letërsisë dhe kulturës, të cilët u pushkatuan, varën, burgosën dhe u internuan me akuza të ndryshme. Gjithashtu, gjatë asaj periudhe pati me dhjetëra grad he vajza të pushkatuara dhe të burgosura. Në një vitrinë të veçantë janë ekspozuar mjetet e torturës ndaj të burgosurve. Në stenda të tjera pasqyrohet modeli “stalinist” në Shqipëri, vendet e ekzekutimeve dhe vrasjet e shqiptarëve në kufirin me shtetet fqinj. Në vitrinat e fundit të pavijonit paraqitet rënia e diktaturës komuniste.
